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Dernière mise à jour : Mai 2021

Rémi Allio

Phylogénomique et Génomique comparative

J'étudie les liens entre les traits phénotypiques des espèces et leur histoire évolutive. Ainsi, mes recherches se basent sur l'inférence des relations de parenté entre espèces à l'aide de données génomiques (phylogénomique) et sur la comparaison et l'étude de l'évolution des génomes de ces espèces en fonction de leur(s) phenotype(s) (génomique comparative).

Voir aussi

Contact :

CBGP - Rémi Allio - Bureau B1.32
755 avenue du Campus Agropolis
34988 Montferrier sur Lez

remi.allio@inrae.fr

Outils :

MitoFinder - Un pipeline qui permet l'assemblage et l'annotation de génomes mitochondriaux à partir de données de séquençage "short reads".

Publications :

› Allio R., Tilak M. K., Scornavacca C., Avenant N. L., Corre E., Nabholz B., & Delsuc F. (2021). High-quality carnivore genomes from roadkill samples enable species delimitation in aardwolf and bat-eared fox. eLife, 10, e63167. (lien)

› Allio R., Nabholz B., Wanke S., Chomicki G., Pérez-Escobar O. A., Cotton A. M., Clamens A.- L., Kergoat G. J., SperlingF. A. H. & Condamine F. L. (2021). Genome-wide macroevolutionary signatures of key innovations in butterflies colonizing new host plants. Nature communications, 12(1), 1-15. (lien)

› Allio R., Schomaker-Bastos A., Romiguier J., Prosdocimi F., Nabholz B., & Delsuc F. (2020). MitoFinder: efficient automated large-scale extraction of mitogenomic data in target enrichment phylogenomics. Molecular Ecology Resources, 20(4) 892-905. (lien)

› Allio R., Scornavacca C., Nabholz B., Clamens A-L., Sperling F. A. H., & Condamine F. L.(2020). Whole genome shotgun phylogenomics resolves the pattern and timing of swallowtail butterfly evolution. Systematic Biology, 69(1), 38-60. (lien)

› Allio R., Donega S., Galtier N., & Nabholz B. (2017). Large variation in the ratio of mitochondrial to nuclear mutation rate across animals: implications for genetic diversity and the use of mitochondrial DNA as a molecular marker. Molecular Biology and Evolution, 34(11), 2762-2772. (lien)