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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Centre de Biologie pour la Gestion des Populations - UMR Inra, IRD, Cirad, Montpellier SupAgro

Galan Maxime

IR2, INRAE ECODIV

Galan
Analyse du polymorphisme génétique chez les espèces non-modèles

Mon activité principale consiste à développer et mettre en place des stratégies moléculaires d’étude de la variabilité génétique des populations naturelles (vertébrés et pathogènes ou proies associés). Ces méthodes concernent la caractérisation de séquences nucléiques, de génotypes ou de niveaux d’expression géniques de marqueurs moléculaires, à l’échelle de quelques gènes jusqu’au génome/transcriptome. Elles font notamment appel aux technologies de séquençage de nouvelle génération et à leurs applications (metabarcoding, 16S rRNA amplicon sequencing, RADseq, Genotyping By Sequencing, RNAseq).

Groupe thématique de rattachement: Approches moléculaires et bioinformatiques haut débit

Voir aussi

Publications récentes:

2022:

  • Guivier E, Galan M, Lippens C, Bellenger J, Faivre B, Sorci G. 2022. Increasing helminth infection burden depauperates the diversity of the gut microbiota and alters its composition in mice. Current Research in Parasitology and Vector-Borne Diseases doi.org/10.1016/j.crpvbd.2022.100082

2021:

  • Olvera-Vazquez SG, Remoue C, Venon A, Rousselet A, Grandcolas O, Azrine M, Momont L, Galan M, Benoit L, David G, Alhmedi A, Belien T, Alins G, Franck P, Haddioui A, Jacobsen SK, Andreev R, Simon S, Sigsgaard L, ... Jousselin E, Cornille A. Large-scale geographic survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa. Peer Community Journal 1: e34 doi.org/10.24072/pcjournal.26
  • Quéméré E, Aucourd M, Troispoux V, Brosse S, Murienne J, Covain R, Le Bail PY, Olivier J, Tysklind N, Galan M. 2021. Unravelling the dietary diversity of neotropical top predators using scat DNA metabarcoding: a case study on the elusive Giant Otter. Environmental DNA doi.org/10.1002/edn3.195
  • Quéméré E, Hessenauer P, Galan M, Fernandez M, Merlet J, Chaval Y, Morellet N, Verheyden H, Gilot-Fromont E, Charbonnel N. 2021. Pathogen-mediated selection favours the maintenance of innate immunity gene polymorphism in a widespread wild ungulate. Journal of Evolutionary Biology 34:1156-1166 doi.org/10.1111/jeb.13876
  • Tournayre O, Leuchtmann M, Galan M, Trillat M, Piry S, Pinuad D, Filippi-Codaccioni O, Pontier D, Charbonnel N. 2021. eDNA metabarcoding reveals a core and secondary diets of the greater horseshoe bat with strong spatio-temporal plasticity. Environmental DNA 3:277-296 doi.org/10.1002/edn3.167
  • Vulin J, Murri S, Madrières S, Galan M, Tatard C, Piry S, Vaccari G, D’Agostino C, Charbonnel N, Castel G, Marianneau P. 2021. Isolation and Genetic Characterization of Puumala Orthohantavirus Strains from France. Pathogens 10:349 doi.org/10.3390/pathogens10030349

2020:

  • Abbate J, Galan M, Razzauti M, Sironen A, Voutilainen L, Henttonen H, Gasqui P, Cosson JF, Charbonnel N. Pathogen community composition and co-infection patterns in a wild community of rodents. In revision for PCI Ecology bioRxivdoi:10.1101/2020.02.09.940494
  • Charbonnel N, Galan M, Tatard C, Loiseau A, Diagne C, Dalecky A, Parrinello H, Rialle S, Severac D, Brouat C. 2020. Differential immune gene expression associated with contemporary range expansion of two invasive rodents in Senegal. Scientific Reports 10(1):18257 doi:10.1038/s41598-020-75060-2
  • Madrières S, Tatard C, Murri S, Vulin J, Galan M, Piry S, Pulido C, Loiseau A, Artige E, Benoit L, Leménager N, Lakhdar L, Charbonnel N, Philippe M, Castel G. 2020. How bank vole-PUUV interactions influence the eco-evolutionary processes driving nephropathia epidemica epidemiology: An experimental and genomic approach. Pathogens 9(10):789 doi.org/10.3390/pathogens9100789
  • Quéméré, Rossi S, Petit E, Marchand P, Merlet J, Game Y, Galan M, Gilot-Fromont E. 2020. Genetic epidemiology of the Alpine ibex reservoir of persistent and virulent brucellosis outbreak. Scientific Reports 10:4400 doi.org/10.1038/s41598-020-61299-2
  • Sow A, Haran J, Benoit L, Galan M, Brévault T. 2020. DNA Metabarcoding as a tool for disentangling food webs in agroecosystems. Insects 11(5):294 doi.org/10.3390/insects11050294
  • Sow A, Seye D, Faye E, Benoit L, Galan M, Haran J, Brévault T. 2020. Vertebrates contribute to natural control of the millet head miner in tree-crop agroforestry systems. Crop Protectiondoi.org/10.1016/j.cropro.2020.105127
  • Tournayre O, Leuchtmann M, Filippi-Codaccioni O, Trillat M, Piry S, Pontier D, Charbonnel N, Galan M. 2020. In silico and empirical evaluation of twelve metabarcoding primer sets for insectivorous diet analyses. Ecology & Evolutiondoi.org/10.1002/ece3.6362
  • Villette P, Afonso E, Couval G, Levret A, Galan M, Goydadin AC, Cosson JF, Giraudoux P. 2020. Spatio-temporal trends in richness and persistence of bacterial communities in decline-phase water vole populations. Scientific Reports 10:9506 doi.org/10.1038/s41598-020-66107-5

2019:

  • Faivre B, Bellenger J, Rieu A, Guivier E, Galan M, Ollivier A, Sorci G. 2019. Disentangling the effect of host genetics and gut microbiota on the resistance to an intestinal parasite. International Journal for Parasitology 49(11): 873-883 doi.org/10.1016/j.ijpara.2019.06.001
  • Ogier JC, Pagès S, Galan M, Barret M, Gaudriault S. 2019. rpoB, a promising marker for analyzing the diversity of bacterial communities by amplicon sequencing. BMC Microbiology 19:171 doi.org/10.1186/s12866-019-1546-z
  • Portanier E, Garel M, Devillard S, Maillard D, Poissant J, Galan M, Benabed S, Poirel MT, Duhayer J, Itty C, Bourgoin G. 2019. Both candidate gene and neutral genetic diversity correlate with parasite resistance in female Mediterranean mouflon. BMC Ecology 19:12 doi:10.1186/s12898-019-0228-x
  • Sow A, Brévault T, Benoit L, Chapuis MP, Galan M, Coeurd’Acier A, Delvare G, Sembène M, Haran J. 2019. Deciphering host-parasitoid interactions and parasitism rates of crop pests using DNA metabarcoding. Scientific Reports 9:3646 doi:10.1038/s41598-019-40243-z

2018:

  • Bidu C, Escoula Q, Bellenger S, Spor A, Galan M, Geissler A, Bouchot A, Dardevet D, Morio-Liondor B, Cani P, Lagrost L, Narce M, Bellenger J. 2018. The transplantation of ω3 PUFA-altered gut microbiota of fat-1 mice to wild-type littermates prevents obesity and associated metabolic disorders. Diabetes. 67(8):1512-1523 doi:10.2337/db17-1488
  • Dubois A, Castel G, Murri S, Pulido C, Pons JB, Benoit L, Loiseau A, Lakhdar L, Galan M, Marianneau P, Charbonnel N. 2018. Bank vole immunoheterogeneity may limit nephropatia epidemica emergence in a French non-endemic region. Parasitology 145 (3): 393-407 doi:10.1017/S0031182017001548
  • Forin-Wiart MA, Poulle ML, Piry S, Cosson JF, Larose C, Galan M. 2018. Evaluating metabarcoding to analyse diet composition of species foraging in anthropogenic landscapes using Ion Torrent and Illumina sequencing. Scientific Reports 8: 17091 doi:10.1038/s41598-018-34430-7
  • Galan M, Pons JB, Tournayre O, Pierre E, Leuchtmann M, Pontier D, Charbonnel N. 2018. Metabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: application to bat species diet analysis. Molecular Ecology Resources 18(3): 474-489 doi:10.1111/1755-0998.12749
  • Goeury T, Creary L, Brunet L, Galan M, Pasquier M, Kervaire B, Langaney A, Tiercy JM, Fernandez-Viña M, Nunes JM, Sanchez-Mazas A. 2018. Deciphering the fine nucleotide diversity of full HLA class I and class II genes in a well-documented population from sub-Saharan Africa. HLA: Immune Response Genetics 91(1): 36-51 doi:10.1111/tan.13180
  • Guivier E, Criscuolo F, Zahn S Bellenger J, Galan M, Faivre B, Sorci G. 2018. Early life infection and host senescence. Experimental Gerontology 114: 19-26 doi:10.1016/j.exger.2018.10.013
  • Leblois R, Gautier M, Rohfritsch A, Foucaud J, Burban C, Galan M, Loiseau A, Sauné L, Branco M, Gharbi K, Vitalis R, Kerdelhué C. 2018. Deciphering the demographic history of allochronic differentiation in the pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa. Molecular Ecology 27 (1): 264-278 doi:10.1111/mec.14411
  • Quemere E, Gaillard JM, Galan M, Vanpe C, David I, Pellerin M, Kjellander P, Hewison AJM, Pemberton JM. 2018. Between-population differences in the genetic and maternal components of body mass in roe deer. BMC Evolutionary Biology 18: 39 doi:10.1186/s12862-018-1154-9
  • Quemere E, Rossi S, Game Y, Petit E, Galan M, Merlet J, Toïgo C, Gilot-Fromont E. 2018. Bouquetins du Bargy et infection brucellique: que nous révèle la génétique? Épidémiologie et Santé Animale 74: 17-24
  • Rohfritsch A*, Galan M*, Gautier M, Gharbi K, Olsson G, Gschloessl B, Zeimes C, Van Wanbeke S, Vitalis R, Charbonnel N. 2018. Preliminary insights into the genetics of bank vole tolerance to Puumala hantavirus in Sweden. Ecology and Evolution 8(22):11273-11292 doi:10.1002/ece3.4603 *co-first authors
  • Sow A, Brévault T, Delvare G, Haran J, Benoit L, Coeur d'acier A, Galan M, Thiaw C, Soti V, Sembène M. 2018. DNA sequencing to help identify crop pests and their natural enemies in agro-ecosystems: The case of the millet head miner Heliocheilus albipunctella (Lepidoptera: Noctuidae) in sub-Saharan Africa. Biological Control 121: 199-207 doi:10.1016/j.biocontrol.2018.03.007

2017:

  • André A, Millien V, Galan M, Ribas A, Michaux JR. 2017. Effects of parasite and historic driven selection on the diversity and structure of a MHC-II gene in a small mammal species (Peromyscus leucopus) undergoing range expansion. Evolutionary Ecology 52: 10-18 doi:10.1007/s10682-017-9898-z
  • Biffi M, Gillet F, Laffaille P, Colas F, Aulagnier S, Blanc F, Galan M, Tiouchichine ML, Némoz M, Buisson L, Michaux JR. 2017. Novel insights into the diet of the Pyrenean desman (Galemys pyrenaicus) using next-generation sequencing molecular analyses. Journal of Mammalogy 98 (5): 1497-1507 doi:10.1093/jmammal/gyx070
  • Diagne C, Galan M, Tamisier L, d’Ambrosio J, Dalecky A, Bâ K, Kane M, Niang Y, Diallo M, Sow A, Gauthier P, Tatard C, Loiseau A, Piry S, Sembene M, Cosson JF, Charbonnel N, Brouat C. 2017. Ecological and sanitary impacts of bacterial communities associated to biological invasions in African commensal rodent communities. Scientific Reports 7: 14995 doi:10.1038/s41598-017-14880-1
  • Dubois A, Galan M, Cosson JF, Gauffre B, Henttonen H, Niemimaa J, Razzauti M, Voutilainen L, Vitalis R, Guivier E, Charbonnel N. 2017. Microevolution of Bank Voles (Myodes glareolus) at Neutral and Immune-Related Genes During a Multi-Annual Complete Dynamic Cycle : consequences for Puumala hantavirus epidemiology. Infection, Genetics and Evolution 49: 318-329 doi:10.1016/j.meegid.2016.12.007
  • Dubois A, Castel G, Murri S, Pulido C, Pons JB, Benoit L, Loiseau A, Lakhdar L, Galan M, Charbonnel N, Marianneau P. 2017. Experimental infections of wild bank voles (Myodes glareolus) from nephropatia epidemica endemic and non-endemic regions revealed slight differences in Puumala virological course and immunological responses. Virus Research 235: 67-72 doi:10.10164/j.virusres.2017.04.004
  • Mergey M, Bardonnet C, Quintaine T, Galan M, Bodin C, Hubert P, Helder R. 2017. Identifying environmental drivers of spatial genetic structure of the European pine marten (Martes martes). Landscape Ecology 32(12):2261-2279 doi:10.1007/s10980-017-0567-y
  • Villette P, Afonso E, Couval G, Levret A, Galan M, Tatard C, Cosson JF, Giraudoux P. 2017. Consequences of organ choice in describing bacterial pathogen assemblages in a rodent population. Epidemiology & Infection 145(14):3070-3075 doi:10.1017/S0950268817001893

2016:

  • Galan M, Razzauti M, Bard E, Bernard M, Brouat C, Charbonnel N, Dehne-Garcia A, Loiseau A, Tatard C, Tamisier L, Vayssier-Taussat M, Vignes H, Cosson JF. 2016. 16S rRNA amplicon sequencing for epidemiological surveys of bacteria in wildlife. mSystems 1(4): e00032-16 doi:10.1128/mSystems.00032-16
  • Gillingham MAF, Courtiol A, Teixeira M, Galan M, Bechet, A, Cezilly F. 2016. Evidence of gene orthology and trans-species polymorphism, but not of parallel evolution, despite high levels of concerted evolution in the MHC of flamingo species. Journal of Evolutionary Biology 29(2): 438-454 doi:10.1111/jeb.12798
  • Jousselin E, Clamens AL, Galan M, Bernard M, Maman S, Duport MG, Meseguer A, Calevro F, Coeur d'acier A. 2016. An assessment of 16S rRNA amplicon Illumina sequencing procedure to study the microbiome of a symbiont-rich aphid genus. Molecular Ecology Resources 16(3): 628-640 doi:10.1111/1755-0998.12478
  • Vanpé C, Debeffe L, Galan M, Hewison AJM, Gaillard JM, Gilot-Fromont E, Morellet N, Cosson JF, Jégo M, Cargnelutti B, Merlet J, Quéméré E. 2016. Immune gene variability influences roe deer natal dispersal. Oikos 125(12):1790-1801 doi:10.1111/oik.02904

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