Je travaille sur l’évolution des interactions interspécifiques (plantes/ phytophages, insectes phytophages/bactéries symbiotiques) et leur rôle dans la diversification du vivant. Depuis mon recrutement INRAe, j’ai développé un programme de recherche sur les pucerons (Hemiptera : Aphididae). Ceux-ci représentent à la fois des modèles biologiques fascinants en biologie évolutive de par la complexité de leurs cycles de vie et  leur spécialisation vis-à-vis de leurs plantes hôtes  et un groupe d’importance agronomique puisqu’ils regroupent des espèces responsables de dégâts importants sur les cultures et les plantes d’ornementation.
Mes travaux tentent à partir d’études phylogénétiques ciblées sur quelques groupes de mettre en évidence le rôle de l’adaptation vis-à-vis des plantes hôtes et des symbiontes dans l’évolution et la diversification des pucerons. Je travaille pour cela à différentes échelles taxonomiques (au niveau genre et à l’intérieur de complexes d’espèce) reflétant différentes échelles de temps.

Je travaille actuellement sur un genre de pucerons associé aux conifères, le genre Cinara Curtis, 1835. Celui-ci, avec plus de 246 espèces, représente l'un des genres de pucerons les plus diversifiés. Il est réparti dans l'ensemble de l'Holarctique et est associé à des espèces de conifères appartenant à la famille des Pinaceae et des Cupressaceae. Les études macroévolutives que nous menons ont pour but de tester les rôles respectifs de l’association avec les plantes et de facteurs abiotiques (climat et géographie) sur la diversification de ce genre.

Nous étudions également  les conséquences évolutives de la symbiose microbienne sur les patrons de diversité et de distribution des Cinara sur de larges échelles de temps. Nos travaux récents ont permis de mettre en évidence dans ce genre de pucerons des symbioses nutritionelles avec plusieurs partenaires bactériens (symbioses multipartites). Nous étudions quels sont les processus à l'origine des remplacements de symbiontes au cours de l'évolution.

voir aussi:http://aphiddb.supagro.inra.fr/

Liste de publications (depuis 2012)

Jeff Rouïl, Emmanuelle Jousselin, Armelle Coeur d’Acier, Corinne Cruaud, and Alejandro Manzano- Marin*. The Protector within: Comparative Genomics of APSE Phages across Aphids Reveals Ram- pant Recombination and Diverse Toxin Arsenals. Genome Biology and Evolution, 12(6):878–889, June 2020. doi: 10.1093/gbe/evaa089. URL https://hal.inrae.fr/hal-02908986.

Hana Platkova, Petr Pyszko, Armelle Coeur d’Acier, Emmanuelle Jousselin, and Pavel Drozd.  Spatial distribution of aphids in the canopy of a temperate forest: where can they be found? Agricultural and Forest Entomology, 2020. doi: 10.1111/afe.12393. URL https://hal.inrae.fr/hal-02907195.

Alejandro  Manzano-Marin, Armelle Coeur  d'acier, Anne Laure Clamens, C´eline Orvain, Corinne Cruaud, Val´erie Barbe, and Emmanuelle Jousselin.  Serial horizontal transfer of vitamin-biosynthetic genes enables the establishment of new nutritional symbionts in aphids’ di-symbiotic systems. ISME Journal, 14(1):259–273, 2020. doi: 10.1038/s41396-019-0533-6. URL https://hal.inrae.fr/hal-02625922.

Emmanuelle Jousselin and Marianne Elias. 2019. Testing host-plant driven speciation in phytophagous insects: a phylogenetic perspective. Recommended by PCI Evolutionary Biology. https://arxiv.org/abs/1910.09510 ;  https://hal.inrae.fr/hal-02934215

Pierre Arnal, Armelle Coeur d’acier, Colin Favret, Martin Godefroid, Ge-Xia Qiao, Emmanuelle Jousselin*, and Andrea Sanchez Meseguer*. The evolution of climate tolerance in conifer-feeding aphids in relation to their host’s climatic niche. Ecology and Evolution, 00:1 – 15, October 2019. doi:10.1002/ece3.5652. URL https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02317841.

François Chevenet, Guillaume Castel, Emmanuelle  Jousselin, and Olivier Gascuel. PastView : a user-friendly interface to explore ancestral scenarios. BMC Evolutionary Biology, 19(1):163, Au- gust 2019. doi: 10.1186/s12862-019-1490-4. URL https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-02404219.

Laurence Flori, Katayoun Moazami-Goudarzi, V´eronique Alary, Abdelillah Araba, Isma¨ıl Boujenane, Nadjet  Boushaba,  Fran¸cois  Casabianca, Sara  Casu, Roberta  Ciampolini, Armelle Coeur D’Acier, Corinne Coquelle, Juan-Vicente Delgado, Ahmed El-Beltagi, Georgia Hadjipavlou, Emmanuelle Jousselin, Vincenzo Landi, Anne Lauvie, Philippe Lecomte, Christina Ligda, Caroline Marinthe, Amparo Mart´ınez, Salvatore Mastrangelo, Dalal Menni, Charles-Henri C.-H. Moulin, Mona-Abdelzaher Os-man, Olivier Pineau, Baldassare Portolano, Clementina Rodellar, Nadhira Sa¨ıdi-Mehtar, Tiziana Sechi,  Guilhem  Sempere,  Sophie  Thevenon, Dimitrios Tsiokos,  Denis  Lalo¨e,  and  Mathieu  Gautier. A genomic map of climate adaptation in Mediterranean cattle breeds. Molecular Ecology, 28(5): 1009–1029, 2019. doi: 10.1111/mec.15004. URL https://hal.inrae.fr/hal-02622739.

 Cervin Guyomar, Fabrice Legeai, Emmanuelle Jousselin, Christophe C. Mougel, Claire Lemaitre, and Jean-Christophe Simon. Multi-scale characterization of symbiont diversity in the pea aphid complex through metagenomic approaches. Microbiome, 6(1):1–21, December 2018. doi: 10.1186/s40168-018-0562-9. URL https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01926402.

Vincent  Berry,  Fran¸cois  Chevenet,  Jean-Philippe  Doyon,  and  Emmanuelle  Jousselin. A geography- aware reconciliation method to investigate diversification patterns in host/parasite interactions. Molecular Ecology Resources, 18(5):1173–1184, September 2018. doi: 10.1111/1755-0998.12897. URL https://hal.umontpellier.fr/hal-01942777.

Alejandro Manzano-Marin, Armelle Coeur d’acier, Anne-Laure Clamens, Celine Orvain, Corinne Cruaud,  Val´erie Barbe, and Emmanuelle Jousselin. A  Freeloader? The  Highly Eroded Yet Large Genome of the Serratia symbiotica Symbiont of Cinara strobi. Genome Biology and Evolution, 10(9):2178–2189, 2018. doi: 10.1093/gbe/evy173. URL https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-02291350.

 Andrea Meseguer S., Jorge M. Lobo, Josselin Cornuault, David Beerling, Brad R. Ruhfel, Charles C. Davis, Emmanuelle Jousselin, and Isabel Sanmartin. Reconstructing deep-time palaeoclimate legacies in the clusioid Malpighiales unveils their role in the evolution and extinction of the boreotropical flora. Global Ecology and Biogeography, 27(5):616–628, 2018. doi: 10.1111/geb.12724. URL https://hal.inrae.fr/hal-02620973.

Megan Popkin, Jos´ephine Piffaretti, Anne Laure Clamens, Ge-Xia Qiao, Jing Chen, Renaud  Vitalis, Flavie Vanlerberghe-Masutti, Rakesh K. Gupta, Malik Lamaari, Olivier Langella, Armelle Coeur D’Acier, and Emmanuelle Jousselin. Large-scale phylogeographic study of the cosmopolitan aphid pest Brachycaudus helichrysi reveals host plant associated lineages that evolved in allopatry. Biological Journal of the Linnean Society, 120(1):102 – 114, 2017. URL https://hal.inrae.fr/hal-02623529.

Andrea Sanchez Meseguer, Alejandro Manzano-Marin, Armelle Coeur D’Acier, Anne Laure Clamens, Martin Godefroid, and Emmanuelle Jousselin. Buchnera has changed flatmate but the repeated replacement of co-obligate symbionts is not associated with the ecological expansions of their aphid hosts. Molecular Ecology, 26(8):2363 – 2378, 2017. doi: 10.1111/mec.13910. URL https://hal.inrae.fr/hal-02623952.

Jousselin E, A.-L. Clamens, M. Galan , M. Bernard, S. Maman, B. Gschloessl,  G. Duport., F. Calevro, A. S. Meseguer, A. Coeur d’acier. (2016). An assessment of 16S rRNA amplicon Illumina sequencing procedure to study the microbiome of aphids. Molecular Ecology Ressources 16(3):628–640, 2016. doi: 10.1111/1755-0998.12478. URL https://hal. archives-ouvertes.fr/hal-01449134

Chevenet F., Doyon JP, Scornavacca C., Jousselin  E et V. Berry.  (2016). SylvX: a viewer for phylogenetic tree reconciliations.  Bioinformatics, 32(4): 608–610, February 2016. doi: 10.1093/bioinformatics/btv625. URL https://hal.umontpellier.fr/hal-01942605.

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Cruaud, A., Ronsted, N., Chantarasuwan, B., Chou, L. S., Clement, W. L., Couloux, A., Cousins, B., Genson, G., Harrison, R. D., Hanson, P. E., Hossaert-McKey, M., Jabbour-Zahab, R., Jousselin, E., Kerdelhue, C., Kjellberg, F., Lopez Vaamonde, C., Peebles, J., Peng, Y.-Q., Santinello Pereira, R. A., Schramm, T., Ubaidillah, R., van Noort, S., Weiblen, G., Yang, D.-R., Yokpinyanee, A., Libeskind-Hadas, R., Cook, J. C., Rasplus, J. Y., Savolainen, V. (2012). . An extreme case of plant-insect codiversification: figs and fig-pollinating wasps . Systematic Biology, 61 (6), 1029-1047.