Jean-François MARTIN CBGP 755 avenue du Campus Agropolis CS 30016 34988 Montferrier sur Lez cedex Maître de Conférences, Montpellier SupAgro, département Biologie et Ecologie jean-francois.martin(at)supagro.fr

Groupe thématique de rattachement : Origine et caractérisation de la biodiversité

Curriculum Vitae

• Depuis janvier 2003 Maître de Conférences, Montpellier SupAgro/CBGP – département Biologie et Ecologie
• 2002 – 2003 Postdoctorat, European Biological Control Laboratory (USDA)
• 2000 – 2002 Postdoctorat, CSIRO European Laboratory
• 1999 - 2000 Postdoctorat LECA (CNRS)

Enseignement en cours

La majeure partie de mes activités d'enseignant se déroule dans le cadre de la formation initiale des deux cursus d'ingénieurs et du master 3A de l’établissement. Ces enseignements se retrouvent dans les trois années de formation jusqu'en option. Le fil conducteur qui structure mon engagement est, partout où c’est possible, de mettre l’accent sur la double entrée Ecologie et Evolution pour appréhender l’organisation et le fonctionnement de la biodiversité à toutes les échelles. A travers mes interventions ou mes responsabilités d’organisation, mon objectif général est d’optimiser la cohérence des disciplines liées à l’écologie et l’évolution dans nos parcours et de favoriser la réflexion des élèves sur les interactions biologiques qui régissent non seulement les agrosystèmes mais de façon plus générale les écosystèmes en intégrant divers niveaux d'organisation du vivant et en privilégiant des approches intégratives de l'écologie. Les notions que je souhaite transmettre au cours du cursus des élèves vont de la prise de conscience de la complexité des systèmes biologiques en première année à l'analyse des interactions biotiques dans les divers modules auxquels je participe et/ou anime par la suite.

Recherche en cours

Je suis clairement focalisé aujourd'hui sur le fonctionnement des communautés d’Arthropodes, principalement dans les agrosystèmes, à travers l’étude des réseaux d’interaction écologiques au niveau des communautés d’Arthropodes/Plantes. Cette approche du fonctionnement des écosystèmes par l’intermédiaire de l’analyse des réseaux d’interaction permet d’adresser un grand nombre de questions posées dans le champ de l’écologie en général, de celui du contrôle biologique en particulier. Nous travaillons sur ces thématiques dans différents systèmes, à travers plusieurs contrats de recherche (ANR, Fondation Agropolis, collaborative agreement avec le CSIRO Australien). cette thématique est en pleine expansion, a beaucoup de potentiel et répond à la fois à des questionnements conceptuels centraux en Ecologie mais aussi à des interrogations sociétales directement adressables.

• Projet étendard STRADIV (2015-2019) : System approach for the TRAnsition to bio-DIVersified agroecosystems, from process analysis to multi-scale co-conception with actors. Co-responsable de Work-package. Responsabilité d'un Work Package et d'unpostdoctorant.
• Collaborative research agreement avec le CSIRO (2017-2020) : lutte biologique contre une espèce envahissante en Australie, Sonchus oleraceus (Asteraceae). responsabilité du programme avec MS Tixier. Responsabilité d'un postdoctorant Vincent lesieur, une AI Maeva Miranda et une doctorante Mélodie Ollivier, cette dernière développant la thématique réseaux trophiques sur le programme.

Au delà de ces thèmes principaux je suis impliqué dans plusieurs projets impliquant l'utilisation et le développement de méthodologies basées sur le séquençage haut débit dans un cadre de caractérisation de la biodiversité (capture et déquançage de fragments longs, metagenomique 16S, séquençage d'amplicons, Génotypage par séquencçage)

Enseignement à Montpellier SupAgro (192 heures) bioinformatique, évolution et écologie de L3 à M2.

• Co-responsable de l'UE de L3 IA Biodiversité du gène à l'écosystème (5 ECTS)
• Co-responsable de l'UE de M1 Dominante 3 Biodiversité (2 ECTS)
• Co-responsablede l'UE de M1 Evolutionary applications in Agricultuture (3 ECTS en anglais)
• Co-responsable de l'UE de M1 Junior research Lab (8 ECTS en anglais)
• Responsable de l'UE de M2 Bioinformatique par la pratique (1 ECTS)

E-learning

• participation au projet de MOOC NECTAR avec un module de formation sur le barcoding environnemental
• Responsable du projet GENPOP : module francophone en e-learning au niveau L3 et M1 en génétique des populations

Workshop internationaux

• projet NextGen european Workshop. Formateur sur les thématiques méthodologies HTS et séquençage d'amplicon

Responsabilités collectives

• Membre élu du conseil de département Biologie et Ecologie, Montpellier SupAgro
• Membre élu du Conseil des enseignants, Montpellier SupAgro

Publications significatives des cinq dernières années

1. Jakub Kreisinger, Lucie Schmiedová, Adéla Petrželková, Oldřich Tomášek, Marie Adámková, Romana Michálková, Jean‐François Martin, Tomáš Albrecht: Fecal microbiota associated with phytohaemagglutinin‐induced immune response in nestlings of a passerine bird. Ecology and Evolution 09/2018; 8(19)., DOI:10.1002/ece3.4454
2. Vincent Lesieur, Jean-François Martin, Hariet L. Hinz, Boris Fumanal, Rouhollah Sobhian, Marie-Claude Bon: Implications of a phylogeographic approach for the selection of Ceutorhynchus assimilis as a potential biological control agent for Lepidium draba. Biological Control 05/2018; 123., DOI:10.1016/j.biocontrol.2018.05.001
3. Emmanuel Guivier, Jean-François Martin, Nicolas Pech, Arnaud Ungaro, Rémi Chappaz, André Gilles: Microbiota Diversity Within and Between the Tissues of Two Wild Interbreeding Species. Microbial Ecology 09/2017;, DOI:10.1007/s00248-017-1077-9
4. Arnaud Ungaro, Nicolas Pech, Jean-François Martin, R. J. Scott McCairns, Jean-Philippe Mévy, Rémi Chappaz, André Gilles: Challenges and advances for transcriptome assembly in non-model species. PLoS ONE 09/2017; 12(9):e0185020., DOI:10.1371/journal.pone.0185020
5. Emmanuel Corse, Emese Meglécz, Gaït Archambaud, Morgane Ardisson, Jean-François Martin, Christelle Tougard, Rémi Chappaz, Vincent Dubut: A from-benchtop-to-desktop workflow for validating HTS data and for taxonomic identification in diet metabarcoding studies. Molecular Ecology Resources 08/2017; 17(6)., DOI:10.1111/1755-0998.12703
6. Sylvain Piry, Catherine Wipf-Scheibel, Jean-François Martin, Maxime Galan, Berthier: High throughput amplicon sequencing to assess within- and between-host genetic diversity in plant viruses. DOI:10.1101/168773
7. Lucie Kropáčková, Hana Pechmanová, Michal Vinkler, Jana Svobodová, Hana Velová, Martin Těšičký, Jean-François Martin, Jakub Kreisinger: Variation between the oral and faecal microbiota in a free-living passerine bird, the great tit (Parus major). PLoS ONE 06/2017; 12(6):e0179945., DOI:10.1371/journal.pone.0179945
8. Lucie Kropáčková, Martin Těšický, Tomáš Albrecht, Jan Kubovčiak, Dagmar Čížková, Oldřich Tomášek, Jean-François Martin, Lukáš Bobek, Tereza Králová, Petr Procházka, Jakub Kreisinger: Co-diversification of gastrointestinal microbiota and phylogeny in passerines is not explained by ecological divergence. Molecular Ecology 04/2017; 26(19)., DOI:10.1111/mec.14144
9. Jakub Kreisinger, Lucie Kropáčková, Adéla Petrželková, Marie Adámková, Oldřich Tomášek, Jean-François Martin, Romana Michálková, Tomáš Albrecht: Temporal Stability and the Effect of Transgenerational Transfer on Fecal Microbiota Structure in a Long Distance Migratory Bird. Frontiers in Microbiology 02/2017; 8(e0123933)., DOI:10.3389/fmicb.2017.00050
10. M. E. Maggia, Yves Vigouroux, J. F. Renno, Fabrice Duponchelle, E. Desmarais, J. Nunez, C. García-Dávila, F. M. Carvajal-Vallejos, Emmanuel Paradis, Jean-Francois Martin, Cédric Mariac: DNA Metabarcoding of Amazonian Ichthyoplankton Swarms. PLoS ONE 01/2017; 12(1):e0170009., DOI:10.1371/journal.pone.0170009
11. Vincent Lesieur, Jean-François Martin, David K. Weaver, Kim A. Hoelmer, David R. Smith, Wendell L. Morrill, Nassera Kadiri, Frank B. Peairs, Darren M. Cockrell, Terri L. Randolph, Debra K. Waters, Marie-Claude Bon: Phylogeography of the wheat stem sawfly, Cephus cinctus Norton (Hymenoptera: Cephidae): implications for pest management. PLoS ONE 12/2016; 11(12):e0168370., DOI:10.1371/journal.pone.0168370
12. V. Lesieur, M. Jeanneau, J. F. Martin, M. C. Bon: Development and characterization of 11 microsatellite markers in the root-gall-forming weevil, Ceutorhynchus assimilis (Coleoptera: Curculionidae). Applied Entomology and Zoology 04/2016; 51(3)., DOI:10.1007/s13355-016-0414-7
13. Antoine Fraimout, Anne Loiseau, Donald K. Price, Anne Xuéreb, Jean-François Martin, Renaud Vitalis, Simon Fellous, Vincent Debat, Arnaud Estoup: New set of microsatellite markers for the spotted-wing Drosophila suzukii (Diptera: Drosophilidae): A promising molecular tool for inferring the invasion history of this major insect pest. European Journal of Entomology 07/2015; 112(4)., DOI:10.14411/eje.2015.079
14. Gregory Mollot, Pierre-François Duyck, Pierre Lefeuvre, Françoise Lescourret, Jean-François Martin, Sylvain Piry, Elsa Canard, Philippe Tixier: Cover Cropping Alters the Diet of Arthropods in a Banana Plantation: A Metabarcoding Approach. PLoS ONE 04/2014; 9(4):e93740., DOI:10.1371/journal.pone.0093740
15. Emese Meglécz, Nicolas Pech, André Gilles, Vincent Dubut, Pascal Hingamp, Aurélie Trilles, Rémi Grenier, Jean‐François Martin: QDD version 3.1: A user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: Experimental validation of variables determining genotyping success rate. Molecular Ecology Resources 04/2014; 14(6)., DOI:10.1111/1755-0998.12271