• ACTIVITÉS de RECHERCHE:

Les insectes phytophages sont caractérisées par leur forte diversité et leur degré de spécialisation à leurs plantes hôtes. Le rôle de la plante hôte comme moteur de la diversification reste une hypothèse ouverte et peu étayée empiriquement malgré quelques exemples emblématiques de spéciation par changement d'hôte ou de radiation adaptative.

Les pyrales du genre Ostrinia [lépidoptères] sont des modèles de choix pour tester le rôle de la spécialisation dans l'évolution des populations et des espèces. En Europe on observe deux espèces du genre : la pyrale du maïs Ostrinia nubilalis (nommée également ECB pour European corn borer) et sa consoeur O. scapulalis (ABB, Adzuki bean borer) qui se développe sur différentes dicotylédones, dont l'armoise, le houblon et le chanvre. Nous nous intéressons à la spécialisation de ces deux espèces à leurs plantes hôtes respectives par de la biologie expérimentale (transplantation réciproque, choix de plantes, infestations contrôlées, RNAseq), à leur divergence par des approches de génétique des populations et de génomique, aux bases génomiques et plus largement moléculaires (épigénétiques) de leur adaptation, et enfin au lien entre adaptation et divergence.

Nous avons développé de nombreux outils génomiques (génome, transcriptomes, miRNA [Gschloessl et al. 2013, 2018, Brousseau et al. 2018, d'Alençon et al. 2021]) pour reconstruire l'histoire des populations et de l'adaptation à la plante hôte entre ces deux espèces. Nous avons pu ainsi identifier des gènes et des miRNA (régulateurs de l'expression génique) dont l'activité est liée à la fitness larvaire et au choix de plantes lors de la ponte (Orsucci et al. 2016, 2018a,b). Le criblage de variants SNPs pangénomiques en populations naturelles en cours permet d'identifier, en parallèle des études précédentes, des régions génomiques impliquées dans l'adaptation à la plante et/ou la divergence entre ABB et ECB. L'objectif de ces dernières recherches est d'apporter des validations croisées de différents gènes candidats (identifiés en populations expérimentales et naturelles de façon indépendante), et de comparer l'histoire évolutive des régions génomiques 'neutres', empreintes de la divergence entre espèces, de celles participant à l'architecture génétique de l'adaptation à la plante.

Enfin nos travaux ont ouvert la piste des communautés microbiennes comme cause ou conséquence de la divergence entre espèces. L'observation de virus et bactéries associées à ECB et ABB dans nos expériences, ainsi que l'importance de la fonction immunitaire dans la divergence entre ECB et ABB observée lors du criblage génomique des populations naturelles, nous amènent à élargir notre point de vue sur la niche écologique que représente la plant hôte et à nous intéresser à la communauté pluri-trophique impliquée: plantes-insectes-microorganismes. Pour cela nous débutons des recherches de caractérisation virale en populations naturelles et de caractérisation immunitaire en populations contrôlées.

• PROJETS de RECHERCHE

2021-2023: INRA-SPE COEUR (leader J. Foucaud, partenaire R. Streiff)  COgnition et EvolUtion chez trois Ravageurs de cultures

2020-2024: ANR MUSCADO (leader V. Calcagno, resp. WP R. Streiff) MUlti-Scale Convergent ​ ADaptation of Ostrinia pests

2020-2022. INRA-SPE  OSTRICH (leader V. Calcagno, partenaire R. Streiff) OSTrinia versus TRICHogramma: resistance and the durability of biocontrol

2020-2022: Labex CEMEB COGNAC (leader J. Foucaud, partenaire R. Streiff) COGNition et Adaptation : Conséquences éco-évolutives chez deux insectes phytophages

2020-2022: fondation AGROPOLIS, LAGRO (leader R. Streiff) Learning and Adaptation in aGROnomic pests

2019-2021: INRA-SPELepiVir (leader R. Streiff) Métagénomique virale et réponse immunitaire de lépidoptères ravageurs de cultures

2018 : INRA-ECODIV  EVIL (leader C. Kerdelhué, partenaire R. Streiff) Vers l'Etude des interactions VIrus-Lépidoptères: développement d'un outil de diagnostique des communautés virales et annotation des gènes

2014-2018: ANR Adapt-Ome (leader R. Streiff) Contributions du genome, du transcriptome et de l’épigénome à l’adaptation de lépidoptères (Ostrinia spp.) à leurs plantes hôtes

2013-2015: INRA-SPE (leader R. Streiff): Gènes différentiellement exprimés en lien avec la plante hôte chez deux pyrales du genre Ostrinia

2011: INRA-AIP Bio-Ressources (leader R. Streiff):. SCOOP (Super Contigs in Ostrinia spp. to Optimize Population survey)

2007-2009: INRA-SPE (leader R. Streiff): GAPS / Genetics of Adaptation in Pest Species

2000-2004: Institut Français de la Biodiversité (IFB) (leader R. Streiff). Origine, originalité et risque d’extinction de Prionotropis hystrix rhodanica Uvarov, 1923 [Orthoptera, Pamphagidae], criquet endémique de la plaine de Crau (Bouches du Rhône)

1999-2003: Ministère de l’environnement et du développement durable, Programme Espaces Protégés (leader R. Streiff). Fragmentation, complémentarité et fonctionnalité des espaces protégés pour la conservation des espèces : l’exemple de la Crau 

• PUBLICATIONS (pdf sur demande rejane.streiff@inrae.fr)

Dorkeld F, Streiff R, Castel G, Noûs C, Ogliastro M, Kerdelhué C (submitted) In-silico analyses identify a diversity of endogenous and exogenous viruses associated to the winter pine processionary moth Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera, Notodontidae)

Gimenez S, Seninet I, Orsucci M, Audiot P, Nègre N, Nam KW, Streiff R, d’Alençon E (2021). Integrated miRNA and transcriptome profiling to explore the molecular determinism of convergent adaptation to corn in two lepidopteran pests of agriculture. BMC Genomics 22, no 1 : 606. https://doi.org/10.1186/s12864-021-07905-7

Dorkeld F, Streiff R, Kerdelhué C, Ogliastro M (2021). Coding-Complete Genome Sequences of an Iteradensovirus and an Alphapermutotetra-Like Virus Identified from the Pine Processionary Moth ( Thaumetopoea pityocampa) in Portugal. Microbiology Resource Announcements, 10 (1), https://dx.doi.org/10.1128/MRA.01163-20

Kerdelhué C, Dorkeld F,  Streiff R, Ogliastro M (2021). Coding-Complete Genome Sequence of a Partitivirus Isolated from Pine Processionary Moth Eggs. Microbiology Resource Announcements, 10 (8), e00071-21, https://dx.doi.org/10.1128/MRA.00071-21

Esquer-Garrigos Y, Streiff R, Party V, Nidelet S, Navascués M, Greenfield MD (2019) Pleistocene origins of chorusing diversity in Mediterranean bush-cricket populations (Ephippiger diurnus). Biological Journal of the Linnean Society, , 126 (3), 598-613, https://dx.doi.org/10.1093/biolinnean/bly195

Orsucci M, Audiot P, Nidelet S, Dorkeld, F. Pommier, A. Vabre, M. Severac, D. Rohmer, M. Gschloessl, B Bourguet, D. Streiff, R (2018b) Transcriptomic response of female adult moths to host and non-host plants in two closely related species. BMC Evolutionary Biology 18:145. https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12862-018-1257-3

Brousseau L, Nidelet S, Streiff R (2018) Annotation of Z-heterosomal and autosomal scaffolds of Ostrinia scapulalis nuclear genome (Lepidoptera, Crambidae) through whole-genome sequencing depth analysis. Data in Brief, 20:644-648. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352340918308618

Orsucci M, Audiot P, Dorkeld F, Pommier, A. Vabre, M. Gschloessl, B Rialle, S. Severac, D. Bourguet, D. Streiff, R (2018a). Larval transcriptomic response to host plants in two related phytophagous lepidopteran species: implications for host specialization and species divergence. BMC Genomics, 19: 265. https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-4589-x

B. Gschloessl, F. Dorkeld, P. Audiot, A. Bretaudeau, C. Kerdelhué, R. Streiff (2018). De novo genome and transcriptome resources of the Adzuki bean borer Ostrinia scapulalis (Lepidoptera: Crambidae). Data in Brief, 17:781-787. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352340918300763?via%3Dihub

B. Gschloessl, F. Dorkeld, H. Berges, G. Beydon, O. Bouchez, M. Branco, A. Bretaudeau, C. Burban, E. Dubois, P. Gauthier, E. Lhuillier, J. Nichols, S. Nidelet, S. Rocha, L. Sauné, R. Streiff, M. Gautier, C. Kerdelhué (2018). Draft genome and reference transcriptomic resources for the urticating pine defoliator Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Notodontidae) Molecular Ecology resources. 18(3): 602-619.

Piry S, Berthier K, Streiff R, Cros-Arteil S, Tatin L, Foucart A, Bröder L, Hochkirch A, Chapuis MP. Fine-scale interactions between habitat quality and genetic variation suggest an impact of grazing on the critically endangered grasshopper, Prionotropis rhodanica (2018) Journal of Orthoptera Research. 27, 1.

Greenfield MD, Esquer-Garrigos YS, Streiff R, Party V. (2016) Animal choruses emerge from receiver psychology. Scientific reports. doi:10.1038/srep34369

Esquer-Garrigos YS, Greenfield MD, Party V., Streiff R (2016) Characterization of 16 novel microsatellite loci for Ephippiger diurnus (Orthoptera: Tettigoniidae) using pyrosequencing technology and cross-species amplification (2016). European Journal of Entomology. Eur. J. Entomol. 113: 302-306

Orsucci M, Audiot P, Pommier A, Raynaud C, Ramora B, Zanetto A, Bourguet D, Streiff R (2016) Host specialisation involving attraction, avoidance and performance, in two phytophagous moth species. Journal of Evolutionary Biology. 29 (1): 114-125.

Chapuis MP, Plantamp C, Streiff R, Blondin L, Piou C (2015) Microsatellite evolutionary rate and pattern in Schistocerca gregaria inferred from direct observation of germline mutations. Molecular Ecology. 24: 6107-6119.

Party V, Streiff R, Marin-Cudraz T, Greenfield MD. (2015) Group synchrony and alternation as an emergent property :  Elaborate chorus structure in a bushcricket is an incidental byproduct of female preference for leading calls. Behavioral Ecology and Sociobiology. 69: 1957-1973.

Simon JC, d’Alençon E, Guy E, Jacquin-Joly E, Jacquiéry J, Nouhaud P, Peccoud J, Sugio A, Streiff R (2015). Genomics of adaptation to host-plants in herbivorous insects. Briefings in functional genomics, 1-11. pii: elv015

Gschloessl B, Vogel H, Burban C, Heckel D, Streiff R, Kerdelhué C (2014).  Comparative analysis of two phenologically divergent populations of the pine processionary moth (Thaumetopoea pityocampa) by de novo transcriptome sequencing. Insect Biochemistry & Molecular Biology. 46: 31-42.

Bourguet D, Ponsard S, Streiff R, Meusnier S, Audiot P, Li J, Wang ZY (2014) 'Becoming a species by becoming a pest' or how two maize pests of the genus Ostrinia possibly evolved through parallel ecological speciation events. Mol Ecol. 23(2): 325-42.

Streiff R, Courtois B, Meusnier S, Bourguet D (2014). Genetic mapping of two components of reproductive isolation between two sibling species of moths, Ostrinia nubilalis and O. scapulalis. Heredity. 112: 370-381.

Alem S, Streiff R, Courtois B, Zenboudji S, Limousin, D, Greenfield M (2013) M. D. Genetic architecture of sensory exploitation: QTL mapping of female and male receiver traits in an acoustic moth. Journal of Evolutionary Biology 26, 2581-2596.

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Gschloessl B, Beyne E, Audiot P, Bourguet D, Streiff R (2013) De novo transcriptomic resources for two sibling species of moths: Ostrinia nubilalis and O. scapulalis. BMC research notes, 6: 73

Tollenaere C, Jacquet S, Ivanova S, Loiseau A, Duplantier J-M, Streiff R, Brouat C (2013) Beyond an AFLP genome scan towards the identification of immune genes involved in plague resistance in Rattus rattus from Madagascar. Molecular Ecology. 22 (2) 354-367.

Limousin D, Streiff R, Courtois B, Dupuy V, Alem S, Greenfield M (2012) Genetic architecture of sexually selected traits in an acoustic moth. Plos ONE, 7 (9), e44554.

Chapuis MP, Streiff R, Sword GA (2012) Long microsatellites and unusually high levels of genetic diversity in the Orthoptera. Insect Molecular Biology 21: 181-186.

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Midamegbe A, Vitalis R, Malausa T, Delava E, Cros-Arteil S, Streiff R (2011): Scanning the European corn borer (Ostrinia spp.) genome for adaptive divergence between host-affiliated sibling species. Molecular Ecology 20 (7), 1414-1430.

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Malausa T, Dalecky A, Ponsard S, Audiot P, Streiff R, Chaval Y, Bourguet D (2007) Genetric structure and gene flow in French populations of two Ostrinia taxa: host races or sibling species? Molecular Ecology, 16 (20), 4210-4222.

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Leblois R, Estoup A, Streiff R (2006) Genetics of recent habitat contraction and reduction in population size: Does isolation by distance matter? Molecular Ecology, 15 (12), 3601-3615.

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Streiff R, Audiot P, Foucart A, Lecoq M, Rasplus JY (2006) Genetic survey of two endangered grasshopper subspecies, Prionotropis hystrix rhodanica and Prionotropis hystrix azami (Orthoptera, Pamphagidae): within- and between-population dynamics at the regional scale. Conservation Genetics, 7 (3), 331-344.

Streiff R, Veyrier R, Audiot P, Meusnier S, Brouat C (2005) Introgression in natural populations of bioindicators: a case study of Carabus splendens and Carabus punctatoauratus. Molecular Ecology, 14 (12), 3775-3786.

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Mariette S, Cottrell J, Csaikl UM, Goikoechea P, König A, Lowe AJ, Van Dam BC, Barreneche T, Bodénès C, Streiff R, Burg K, Groppe K, Munro RC, Tabbener H, Kremer A. (2002) Comparison of levels of genetic diversity detected with AFLP and microsatellite markers within and among mixed Q. petraea (Matt.) Liebl. and Q. robur L. stands. Silvae Genetica, 51, 72-79.

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Lefort F, Echt C, Streiff R, Vendramin GG. (1999) Microsatellite Sequences: a New Generation of Molecular Markers for Forest Genetics. Forest Genetics6 (1), 15-20.

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Barreneche T, Bodénès C, Lexer C, Trontin JF, Fluchs S, Streiff R, Plomion C, Roussel G, Steinkellner H, Burg K, Favre JM, Gloessl J, Kremer A. (1998)A genetic linkage map of Quercus robur L. (pedunculate oak) based on RAPD, SCAR, microsatellite, minisatellite, isozymes, and rDNA markers. Theoretical and Applied Genetics, 97, 1090-1103.

Streiff R, Ducousso A, Kremer A (1998) Organisation de la diversité génétique spatiale et flux polliniques dans une chênaie mixte. Hors série: Methodologies de gestion et de conservation des ressources génétiques. Génétique, Séléction et Evolution, 30, suppl.1, S137-152.

Streiff R, Labbé T, Bacilieri R, Steinkellner H, Glössl J, Kremer A (1998) Within population genetic structure in Quercus robur L. and Quercus petraea (Matt.) Liebl. assessed with isozymes and microsatellites. Molecular Ecology, 7, 317-328.

Steinkellner H, Fluch S, Turetschek E, Lexer C, Streiff R, Kremer A, Burg K, Glössl J (1997) Identification and characterization of (GA/CT)n microsatellite loci from Quercus petraea. Plant Molecular Biology, 33, 1093-1096.

Lexer C, Streiff R, Steinkellner H, Glössl J (1997). Vaterschaftstests für Baüme mit mikrosatelliten. Österreichische Forstzeitung, 6, 43-44.

• PARCOURS:

2015: HDR soutenue le 22 juin 2015 à l'Université de Montpellier: "Evolution neutre et adaptative des populations naturelles; Illustration chez les pyrales du genre Ostrinia spécialisées à leurs plantes hôtes"

2013-2018: accueil au laboratoire DGIMI (UMR INRA-Université de Montpellier) dans l'équipe Epigénétique, Holocentrisme et Adaptation d'E. d'Alençon

2000-...: Chargée de Recherche (CR2 puis CR1) INRA au CBGP (Centre de Biologie pour la Gestion des Populations), sur la diversité génétique de différents espèces d'insectes en danger d'extinction ou ravageurs des cultures. Génomique de l'adaptation

1999-2000: Post-Doctorat à l'Université d'Algarve au Portugal sur l'estimation des tailles efficaces de populations de langoustines, en collaboration avec Leonor Cancela

1994-1998: Doctorat de l'Université de Montpellier 2; thèse éffectuée à l'INRA de Pierroton Cestas sur la génétique des arbres forestiers sous la direction d'Antoine Kremer

1993-1994: DEA Ecologie et Evolution de l'Université de Montpellier 2, stage effectué à l'Université de Montpellier sur l'estimation statistique du taux d'autofécondation à partir de l'analyse du coalescent, sous la direction de Monty Slatkin

1991-1994: Ingénieur Forestier,  ENGREF Nancy