Comité : Réjane Streiff, Sabine Nidelet, Laure Benoit

Contexte scientifique et objectifs

Ce plateau technique a pour objectif de mutualiser des technologies et compétences en biologie moléculaire au service des programmes de recherche de l’unité. Les méthodes mises en œuvre permettent de générer des données génétiques nécessaires à la caractérisation de la biodiversité et aux études de phylogénie et de génétique des populations mais également à l’étude de la structure des génomes, de l’adaptation des organismes, et de la fonction des gènes pour des espèces ou communautés d’intérêt. Le plateau compte 11 agents permanents et accueille de nombreux étudiants. 

Activités et principaux équipements disponibles

Le plateau bénéficie de 200m² de laboratoires dédiés aux différentes activités selon le principe de marche en avant. Les principales activités sont les suivantes :

• Purification d’acides nucléiques (ARN et ADN) haut débit
  • Principaux équipements : Centrifugeuse Sigma 4K15, robot Eppendorf epMotion 5075
• Amplification par PCR pour le génotypage (microsatellites, RFLP, AFLP) et le séquençage (classique et haut-débit)
  • Principaux équipements : thermocycleurs blocs 96 Eppendorf (Mastercycler, epGradient et Nexus) et 384 TProfessional (Biometra)
• PCR quantitative: mesure de l’expression génique, détection de pathogènes, quantification de cibles
  • Principaux équipements : LightCycler 480 (Roche), blocs 96 et 384 puits
• Préparation de bibliothèques destinées au séquençage haut débit : AmpliconSeq (metabarcoding, métagénomique 16S, génotypage CMH, …), RADseq, RNAseq, Shotgun
• Contrôle qualité d’acides nucléiques, de produits PCR et de librairies génomiques
  • Principaux équipements : cuves d’électrophorèses (Mupid), Bioanalyzer 2100 (Agilent), spectrophotomètre NanoDrop ND8000 (Thermo), fluorimètre Qubit (Invitrogen)
• Cytogénétique : caryotypage, PRINS, FISH de sondes répétées, BAC-FISH, peinture chromosomique, Zoo-FISH
  • Principaux équipements : microscope à fluorescence (Zeiss) couplé à un système d’analyses d’images (Genus, Cytovision)

photos : M. Galan

De part le rattachement du CBGP au LabEx CeMEB (Centre Méditerranéen Environnement et Biodiversité) et au LabEx Agro, les utilisateurs de notre plateau technique bénéficient également de l’accès à des équipements mutualisés sur les plateformes partenaires (séquenceurs capillaires Applied Biosystems, séquenceur Illumina MiSeq, automate d’extraction Thermofisher KingFisher, sonicateur Covaris S220) :

•  Plateformes labellisées CeMEB
•  Grand Plateau Technique Régional de Génotypage