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Dernière mise à jour : Mai 2021

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UMR DGIMI Diversité, Génomes Interactions Microorganismes-Insectes

Publications, Brevets et Thèses

Production scientifique depuis 2006

Publications

2022

Durand, K., Yainna, S., Nam, K. 2022. Incipient speciation between host-plant strains in the fall armyworm. BMC Ecology and Evolution, 22, 52. DOI : 10.1186/s12862-022-02008-7.

Eychenne, M., Girard, P.-A., Frayssinet, M., Lan, L., Pagès, S., Duvic, B., Nègre, N. 2022. Mutagenesis of both prophenoloxidases in the fall armyworm induces major defects in metamorphosis. Journal of Insect Physiology, 139, 104399. DOI : 10.1016/j.jinsphys.2022.104399.

Habib, K.A., Nam, K., Xiao, Y., Sathi, J., Islam, M.N., Panhwar, S.K., Habib, A.H.M.S. 2022. Population structure, phylogeography and demographic history of Tenualosa ilisha populations in the Indian Ocean region inferred from mitochondrial DNA sequence variation. Regional Studies in Marine Science, 54, 102478. DOI : 10.1016/j.rsma.2022.102478.

Lefouili, M., Nam, K. 2022. The evaluation of Bcftools mpileup and GATK HaplotypeCaller for variant calling in non‑human species. Scientific reports, 12, 11331. DOI : 10.1038/s41598-022-15563-2.

Nhim, S., Gimenez, S., Nait-Saidi, R., Severac, D., Nam, K., d'Alençon, E., Nègre, N. 2022. H3K9me2 genome-wide distribution in the holocentric insect Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae). Genomics, 114, 384-397. DOI : 10.1016/j.ygeno.2021.12.014.

Orsucci, M., Moné, Y., Audiot, P., Gimenez, S., Nhim, S., Naït-Saïdi, R., Frayssinet, M., Dumont, G., Boudon, J.-P., Vabre, M., Rialle, S., Koual, R., Kergoat, G.J., Nagoshi, R.N., Meagher, R.L., d’Alençon, E., Nègre, N. 2022. Transcriptional differences between the two host strains of Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae). Peer Community Journal, 2. DOI : 10.24072/pcjournal.77.

Tay, W.T., Rane, R.V., Padovan, A., Walsh, T.K., Elfekih, S., Downes, S., Nam, K., d’Alençon, E., Zhang, J., Wu, Y., Nègre, N., Kunz, D., Kriticos, D.J., Czepak, C., Otim, M.H., Gordon, K.H.J. 2022. Global population genomic signature of Spodoptera frugiperda (fall armyworm) supports complex introduction events across the Old World. Communications Biology, 5, 297. DOI : 10.1038/s42003-022-03230-1.

2021

Gimenez, S., Seninet, I., Orsucci, M., Audiot, P., Nègre, N., Nam, K., Streiff, R., d'Alençon, E. 2021. Integrated miRNA and transcriptome profiling to explore the molecular determinism of convergent adaptation to corn in two lepidopteran pests of agriculture. BMC genomics, 22, 606-606. DOI : 10.1186/s12864-021-07905-7.

Kergoat, G.J., Goldstein, P.Z., Le Ru, B., Meagher, R.L. Jr, Zilli, A., Mitchell, A., Clamens, A.L., Gimenez, S, Barbut, J., Nègre, N., d'Alençon, E., Nam, K. 2021. A novel reference dated phylogeny for the genus Spodoptera Guenée (Lepidoptera: Noctuidae: Noctuinae): new insights into the evolution of a pest-rich genus. Molecular Phylogenetics and Evolution, 161, 107161. DOI : 10.1016/j.ympev.2021.107161.

Roy, M.C., Nam, K., Kim, J., Stanley, D., Kim, Y. 2021. Thromboxane mobilizes insect blood cells to infection foci. Frontiers in Immunology, 12. DOI : 10.3389/fimmu.2021.791319.

Yainna, S., Nègre, N., Silvie, P.J., Brévault, T., Tay, W.T., Gordon, K., dAlençon, E., Walsh, T., Nam, K. 2021. Geographic monitoring of insecticide resistance mutations in native and invasive populations of the fall armyworm. Insects, 12, 468. DOI : 10.3390/insects12050468.

2020

Gimenez, S., Abdelgaffar, H., Le Goff, G., Hilliou, F., Blanco, C. A., Hänniger, S., Bretaudeau, A., Legeai, F., Nègre, N., Jurat-Fuentes, J. L., d’Alençon, E., Nam, K. 2020. Adaptation by copy number variation increases insecticide resistance in the fall armyworm. Communications Biology, 3, 664. DOI : 10.1038/s42003-020-01382-6.

Huot, L., Bigourdan, A., Pages, S., Ogier, J.-C., Girard, P.-A., Negre, N., Duvic, B. 2020. Partner-specific induction of Spodoptera frugiperda immune genes in response to the entomopathogenic nematobacterial complex Steinernema carpocapsae-Xenorhabdus nematophilaDevelopmental and Comparative Immunology, 108, 103676. DOI : 10.1016/j.dci.2020.103676. https://hal.inrae.fr/hal-02516411

Nam, K., Nhim, S., Robin, S., Bretaudeau, A., Nègre, N., d’Alençon, E. 2020. Positive selection alone is sufficient for whole genome differentiation at the early stage of speciation process in the fall armyworm. BMC Evolutionary Biology, 20, 152. DOI : 10.1186/s12862-020-01715-3.

Orsucci, M., Moné, Y., Audiot, P., Gimenez, S., Nhim, S., Naït-Saïdi, R., Frayssinet, M., Dumont, G., Boudon, J.-P., Vabre, M., Rialle, S., Koual, R., Kergoat, G.J., Nagoshi, R.N., Meagher, R.L., d'Alencon, E., Nègre, N. 2020. Transcriptional differences between the two host strains of Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae). bioRxiv, 263186, ver. 2 peer-reviewed and recommended by PCI Evolution Biology. DOI : 10.24072/pci.evolbiol.100102.

Zhang, L., Liu, B., Zheng, W., Liu, C., Zhang, D., Zhao, S., Li, Z., Xu, P., Wilson, K., Withers, A., Jones, C.M., Smith, J.A., Chipabika, G., Kachigamba, D. L., Nam, K., d'Alençon, E., Liu, B., Liang, X., Jin, M., Wu, C., Chakrabarty, S., Yang, X., Jiang, Y., Liu, J., Liu, X., Quan, W., Wang, G., Fan, W., Qian, W., Wu, K., Xiao, Y. 2020. Genetic structure and insecticide resistance characteristics of fall armyworm populations invading China. Molecular Ecology Resources. DOI : 10.1111/1755-0998.13219. https://hal.inrae.fr/hal-02919813

2019

Huot, L., George, S., Girard, P.-A., Severac, D., Nègre, N., Duvic, B. 2019. Spodoptera frugiperda transcriptional response to infestation by Steinernema carpocapsaeScientific Reports, 9 (1), 13 p. DOI : 10.1038/s41598-019-49410-8. http://prodinra.inra.fr/record/483762

Pigeyre, L., Schatz, M., Ravallec, M., Gasmi, L., Negre, N., Clouet, C., Seveno, M., El Koulali, K., Decourcelle, M., Guerardel, Y., Cot, D., Dupressoir, T., Gosselin-Grenet, A.-S., Ogliastro, M.-H. 2019. Interaction of a densovirus with glycans of the peritrophic matrix mediates oral infection of the Lepidopteran pest Spodoptera frugiperdaViruses, 11 (9), 21 p. DOI : 10.3390/v11090870.  http://prodinra.inra.fr/record/486352

2018

Chen, Z.-H., Zhang, M., Lv, F.-H., Ren, Li, W.-R., Liu, M.-J., Nam, K. W., Bruford, M. W., Li, M.-H. 2018. Contrasting patterns of genomic diversity reveal accelerated genetic drift but reduced directional selection on X-chromosome in wild and domestic sheep species. Genome Biology and Evolution, 10 (5), 1282-1297. DOI : 10.1093/gbe/evy085. http://prodinra.inra.fr/record/442635

Moné, Y., Nhim, S., Gimenez, S., Legeai, F., Seninet, I., Parrinello, H., Nègre, N., D'Alençon, E. 2018. Characterization and expression profiling of microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda. BMC Genomics, 19 (1), 15 p. DOI : 10.1186/s12864-018-5119-6. http://prodinra.inra.fr/record/452867

Orsucci, M., Audiot, P., Nidelet, S., Dorkeld, F., Pommier, A., Vabre, M., Severac, D., Rohmer, M., Gschloessl, B., Streiff, R. 2018. Transcriptomic response of female adult moths to host and non-host plants in two closely related species. BMC Evolutionary Biology, 18. DOI : 10.1186/s12862-018-1257-3.  http://prodinra.inra.fr/record/448988

Orsucci, M., Audiot, P., Dorkeld, F., Pommier, A., Vabre, M., Gschloessl, B., Rialle, S., Severac, D., Bourguet, D., Streiff, R. 2018. Larval transcriptomic response to host plants in two related phytophagous lepidopteran species: implications for host specialization and species divergence. BMC Genomics, 19. DOI : 10.1186/s12864-018-4589-x.  http://prodinra.inra.fr/record/428807

Rizk, F., Laverdure, S., D'Alençon, E., Bossin, H., Dupressoir, T. 2018. Linear Lepidopteran ambidensovirus 1 sequences drive random integration of a reporter gene in transfected Spodoptera frugiperda cells. PeerJ, 6, 23 p. DOI : 10.7717/peerj.4860.  http://prodinra.inra.fr/record/433581

2017

Bonneaud, N., Layalle, S., Colomb, S., Jourdan, C., Ghysen, A., Severac, D., Dantec, C., Negre, N., Maschat, F. 2017. Control of nerve cord formation by Engrailed and Gooseberry-Neuro: A multi-step, coordinated process. Developmental Biology, 432 (2), 273-285. DOI : 10.1016/j.ydbio.2017.10.018.  http://prodinra.inra.fr/record/444098

Cheng, T., Wu, J., Wu, Y., Chilukuri, R. V., Huang, L., Yamamoto, K., Feng, L., Li, W., Chen, Z., Guo, H., Liu, J., Li, S., Wang, X., Peng, L., Liu, D., Guo, Y., Fu, B., Li, Z., Liu, C., Chen, Y., Tomar, A., Hilliou, F., Montagné, N., Jacquin-Joly, E., D'Alençon, E., Seth, R. K., Bhatnagar, R. K., Jouraku, A., Shiotsuki, T., Kadono-Okuda, K., Promboon, A., Smagghe, G., Arunkumar, K. P., Kishino, H., Goldsmith, M. R., Feng, Q., Xia, Q., Mita, K. 2017. Genomic adaptation to polyphagy and insecticides in a major East Asian noctuid pest. Nature Ecology and Evolution, 1 (11), 1747-1756. DOI : 10.1038/s41559-017-0314-4.  http://prodinra.inra.fr/record/417608

Erclik, T., Li, X., Courgeon, M., Bertet, C., Chen, Z., Baumert, R., Ng, J., Koo, C., Arain, U., Behnia, R., del Valle Rodriguez, A., Senderowicz, L., Negre, N., White, K.P., Desplan, C. 2017. Integration of temporal and spatial patterning generates neural diversity. Nature, 541 (7637), 365-370, 10.1038/nature20794.  http://prodinra.inra.fr/record/463792

Gouin, A., Bretaudeau, A., Nam, K., Gimenez, S., Aury, J.-M., Duvic, B., Hilliou, F., Durand, N., Montagné, N., Darboux, I., Kuwar, S., Chertemps, T., Siaussat, D., Bretschneider, A., Moné, Y., Ahn, S.-J., Hänniger, S., Gosselin-Grenet, A.-S., Neunemann, D., Maumus, F., Luyten, I., Labadie, K., Xu, W., Koutroumpa, F., Escoubas, J.-M., Llopis, A., Maïbèche-Coisne, M., Salasc, F., Tomar, A., Anderson, A. R., Khan, S. A., Dumas, P., Orsucci, M., Guy, J., Belser, C., Alberti, A., Noel, B., Couloux, A., Mercier, J., Nidelet, S., Dubois, E., Liu, N.-Y., Boulogne, I., Mirabeau, O., Le Goff, G., Gordon, K., Oakeshott, J., Consoli, F. L., Volkoff, A.-N., Fescemyer, H. W., Marden, J. H., Luthe, D. S., Herrero, S., Heckel, D. G., Wincker, P., Kergoat, G. J., Amselem, J., Quesneville, H., Groot, A. T., Jacquin-Joly, E., Nègre, N., Lemaitre, C., Legeai, F., D'Alençon, E., Fournier, P. 2017. Two genomes of highly polyphagous lepidopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with different host-plant ranges. Scientific Reports, 7 (1), 11816. DOI : 10.1038/s41598-017-10461-4.  http://prodinra.inra.fr/record/411711

Nam, K. W., Lee, K. W., Chung, O., Yim, H.-S., Cha, S.-S., Lee, S.-W., Jun, J., Cho, Y. S., Bhak, J., de Magalhaes, J. P., Lee, J.-H., Jeong, J.-Y. 2017. Analysis of the FGF gene family provides insights into aquatic adaptation in cetaceans. Scientific Reports, 7, 40233. DOI : 10.1038/srep40233.  http://prodinra.inra.fr/record/396314

Nam, K., Munch, K., Mailund, T., Nater, A., Greminger, M. P., Krutzen, M., Marques-Bonet, T., Schierup, M. H., 2017. Evidence that the rate of strong selective sweeps increases with population size in the great apes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 114 (7), 1613-1618. DOI : 10.1073/pnas.1605660114.  http://prodinra.inra.fr/record/420795

2016

Esquer Garrigos, Y., Greenfield, M. D., Party, V., Streiff, R. 2016. Characterization of 16 novel microsatellite loci for Ephippiger diurnus (Orthoptera: Tettigoniidae) using pyrosequencing technology and cross-species amplification. European Journal of Entomology, 113, 302- 306. DOI : 10.14411/eje.2016.037.  http://prodinra.inra.fr/record/351529

Greenfield, M. D., Esquer Garrigos, Y., Streiff, R., Party, V., 2016. Animal choruses emerge from receiver psychology. Scientific Reports, 6, 9. DOI : 10.1038/srep34369.

Lobon, I., Tucci, S., de Manuel, M., Ghirotto, S., Benazzo, A., Prado-Martinez, J., Lorente-Galdos, B., Nam, K., Dabad, M., Hernandez-Rodriguez, J., Comas, D., Navarro, A., Schierup, M. H., Andres, A. M., Barbujani, G., Hvilsom, C., Marques-Bonet, T. 2016. Demographic history of the genus Pan inferred from whole mitochondrial genome reconstructions. Genome Biology and Evolution, 8, 2020-2030. DOI : 10.1093/gbe/evw124.  http://prodinra.inra.fr/record/369705

Munch, K., Nam, K. W., Schierup, M. H., Mailund, T. 2016. Selective sweeps across twenty millions years of primate evolution. Molecular Biology and Evolution, 33 (12), 3065-3074. DOI : 10.1093/molbev/msw199.  http://prodinra.inra.fr/record/387066

Orsucci, M., Audiot, P., Pommier, A., Raynaud, C., Ramora, B., Zanetto, A., Bourguet, D., Streiff, R., 2016. Host specialization involving attraction, avoidance and performance, in two phytophagous moth species. Journal of Evolutionary Biology, 29 (1), 114-125. DOI : 10.1111/jeb.12766.  http://prodinra.inra.fr/record/351252

2015

Dumas, P., Barbut, J., Le Ru, B., Silvain, J.-F., Clamens, A. L., D'Alençon, E., Kergoat, G. 2015. Phylogenetic molecular species delimitations unravel potential new species in the pest genus Spodoptera Guenée, 1852 (Lepidoptera, Noctuidae). Plos One, 10 (4), e0122407. DOI : 10.1371/journal.pone.0122407.  http://prodinra.inra.fr/record/309986 

Dumas, P., Legeai, F., Lemaitre, C., Scaon, E., Orsucci, M., Labadie, K., Gimenez, S., Clamens, A. L., Henri, H., Vavre, F., Aury, J. M., Fournier, P., Kergoat, G., D'Alençon, E. 2015. Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species ? Genetica, 143 (3), 305-316. DOI : 10.1007/s10709-015-9829-2.  http://prodinra.inra.fr/record/306622

Dutheil, J. Y., Munch, K., Nam, K., Mailund, T., Schierup, M. H., 2015. Strong selective sweeps on the X chromosome in the human-chimpanzee ancestor explain its low divergence. PLoS Genetics, 11, e1005451. DOI : 10.1371/journal.pgen.1005451.  http://prodinra.inra.fr/record/369698

Nam, K., Munch, K., Hobolth, A., Dutheil, J. Y., Veeramah, K. R., Woerner, A. E., Hammer, M. F., Mailund, T., Schierup, M. H. 2015. Extreme selective sweeps independently targeted the X chromosomes of the great apes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, 6413-6418. DOI : 10.1073/pnas.1419306112.  http://prodinra.inra.fr/record/369699

Simon, J.-C., D'Alençon, E., Guy, E., Jacquin-Joly, E., Jaquiéry, J., Nouhaud, P., Peccoud, J., Sugio, A., Streiff, R. 2015. Genomics of adaptation to host-plants in herbivorous insects. Briefings in Functional Genomics, 14 (6), 413-423. DOI : 10.1093/bfgp/elv015. http://prodinra.inra.fr/record/310218

2014

Arthur, R. K., Ma, L., Slattery, M., Spokony, R. F., Ostapenko, A., Nègre, N., White, K. P. 2014. Evolution of H3K27me3-marked chromatin is linked to gene expression evolution and to patterns of gene duplication and diversification. Genome Research, 24 (7), 1115-1124. DOI : 10.1101/gr.162008.113.  http://prodinra.inra.fr/record/278931

Legeai, F., Gimenez, S., Duvic, B., Escoubas, J.-M., Gosselin-Grenet, A.-S., Blanc, F., Cousserans, F., Seninet, I., Bretaudeau, A., Mutel, D., Girard, P.-A., Monsempes, C., Magdelenat, G., Hilliou, F., Feyereisen, R., Ogliastro, M.-H., Volkoff, A.-N., Jacquin-Joly, E., D'Alençon, E., Negre, N., Fournier, P. 2014. Establishment and analysis of a reference transcriptome for Spodoptera frugiperda. BMC Genomics, 15, 704. DOI : 10.1186/1471-2164-15-704. http://prodinra.inra.fr/record/269917

Li, C., Zhang, Y., Li, J., Kong, L., Hu, H., Pan, H., Xu, L., Deng, Y., Li, Q., Jin, L., Yu, H., Chen, Y., Liu, B., Yang, L., Liu, S., Zhang, Y., Lang, Y., Xia, J., He, W., Shi, Q., Subramanian, S., Millar, C. D., Meader, S., Rands, C. M., Fujita, M. K., Greenwold, M. J., Castoe, T. A., Pollock, D. D., Gu, W., Nam, K., Ellegren, H., Ho, S. Y., Burt, D. W., Ponting, C. P., Jarvis, E. D., Gilbert, M. T., Yang, H., Wang, J., Lambert, D. M., Wang, J., Zhang, G., 2014. Two Antarctic penguin genomes reveal insights into their evolutionary history and molecular changes related to the Antarctic environment. Gigascience, 3, 27. DOI : 10.1186/2047-217x-3-27.  http://prodinra.inra.fr/record/369700

Slattery, M., Ma, L., Spokony, R. F., Arthur, R. K., Kheradpour, P., Kundaje, A., Nègre, N., Crofts, A., Ptashkin, R., Zieba, J., Ostapenko, A., Suchy, S., Victorsen, A., Jameel, N., Grundstad, A. J., Gao, W., Moran, J. R., Rehm, E. J., Grossman, R. L., Kellis, M., White, K. P. 2014. Diverse patterns of genomic targeting by transcriptional regulators in Drosophila melanogaster. Genome Research, 24 (7), 1224-1235. DOI : 10.1101/gr.168807.113.  http://prodinra.inra.fr/record/278932

Tagu, D., Colbourne, J. K., Nègre, N. 2014. Genomic data integration for ecological and evolutionary traits in non-model organisms. BMC Genomics, 15. DOI : 10.1186/1471-2164-15-490.  http://prodinra.inra.fr/record/281892

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2013

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Brevets

d’Alençon, E., Stanojcic, S., Cousserans, F., Gimenez, S., Fournier, P., Quesneville, H., Permal, E. 2011. « Molécules utiles pour inhiber le développement d’une larve d’insecte ravageur de culture » Brevet européen 11/01/2011.

Thèses

Sandra NHIM. 2018. Mécanismes de régulation épigénétique chez l'insecte holocentrique ravageur de culture Spodoptera frugiperda, Lépidoptera, Noctuidae. Thèse de doctorat de l'Université de Montpellier, Montpellier, France, sous la direction d'Emmanuelle d'ALENÇON et Nicolas NEGRE. http://www.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2018MONTG086.

Marion ORSUCCI. 2015. Rôle de la spécialisation à la plante hôte et de l'isolement reproducteur dans la divergence de lépidoptères ravageurs de cultures. Thèse de doctorat de l'Université de Montpellier, Montpellier, France, sous la direction de Réjane STREIFF.
http://www.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2015MONTS074.

Pascaline DUMAS. 2013. Etude intégrative du statut des deux variants adaptatifs à la plante hôte de Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae). Thèse de doctorat en biologie de l'évolution et écologie de l'Université Montpellier 2, Montpellier, France, sous la direction d'Emmanuelle d'ALENÇON et de Gael KERGOAT.
https://www.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2013MON20148.