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Emilie Millet a quitté ses fonctions au LEPSE en avril 2022.

Mission au LEPSE entre juillet 2021 et avril 2022

Biologiste quantitative avec une formation initiale d'agronome, mes activités de recherches se concentrent sur l’intégration de méthodes et de données à différentes  échelles afin d'identifier les déterminismes des réponses quantitative des plantes aux conditions environnementales.
Après une thèse de doctorat au LEPSE (MAGE 2012-2016) dans le cadre des projets DROPS et Amaizing, j'ai effectué un premier post-doctorat à l'université de Wageningen (WUR, Pays-Bas) dans le projet EPPN2020.

J'ai à nouveau rejoint l'équipe MAGE en juillet 2021 en tant que post-doc Post Agreenskills. Dans le projet EXPOSE (EXploring PhenOtypic SpacE for Mining Genotypes and Alleles in Maize), je propose d'interfacer la génétique et l’écophysiologie avec l'écologie/évolution et les data science. L’objectif est de définir les interactions G×E en terme d'espace phénotypique et d’en étudier la structure. L’utilisation de variables mesurées en plateformes, qui sont prédictives de la réponse des plantes à l’environnement, permettra d’identifier les combinaisons de traits et les individus adaptés à des conditions spécifiques.

Thèse de doctorat au LEPSE (MAGE 2012-2016) dans le cadre des projets DROPS et Amaizing

Sujet : "Variabilité génétique du rendement du maïs soumis au déficit hydrique et aux températures élevées : analyse d'un réseau d'expérimentation multi-site. "

Thèse soutenue le 28.10.2016

Membres du jury :

Mr François Tardieu, Directeur de thèse / Mr Claude Welcker, Examinateur/ Mme Chris-Carolin Schön, Rapporteur / Mr Hervé Monod, Rapporteur / Mr Jacques David, Examinateur/ Mr Alain Murigneux, Examinateur

Résumé :

Dans un contexte de changement climatique les cultures vont être plus fréquemment soumises à des événements climatiques extrêmes. Continuer le progrès sur le rendement du maïs requiert de considérer de nouvelles méthodes génétiques pour caractériser les avantages comparatifs de génotypes en conditions de sécheresse et de températures élevées. L'objectif principal de cette thèse est d'améliorer les connaissances du contrôle génétique du rendement du maïs et de ses composantes sous stress hydrique et thermique dans un réseau d'essai au champ. Pour cela, nous avons utilisé des données issues du projet UE DROPS et du projet français Amaizing avec 29 essais au champ répartis en Europe et au Chili, en 2012 et 2013, avec des traitements irrigué et non irrigué dans chaque site. Une caractérisation précise des conditions environnementale a été réalisée, ainsi qu’une mesure précise de la phénologie et du rendement et de ses composantes sur un panel de 244 hybrides de maïs. L’approche utilisée dans cette thèse a consisté à utiliser la caractérisation environnementale précise en chaque site pour disséquer les interactions entre génotype et environnement. Dans un premier temps nous avons classé les 29 essais en six scénarios environnementaux qui avaient été préalablement définis sur de longues séries climatiques dans toute l'Europe. Les régions génomiques associées au rendement ont eu des effets très variables entre sites, qui dépendaient des scénarios environnementaux. On peut donc associer chaque allèle à une région d'Europe où il a une forte probabilité d'effet positif. Dans un second temps, en combinant les données issues de plateforme et du champ, nous avons estimé les réponses du rendement au rayonnement intercepté pendant la période végétative, et à la température et au déficit hydrique à la floraison. Nous avons identifié les régions génomiques associées à ces réponses, rendant les génotypes analysés tolérants ou sensibles à la variable considérée. Ce travail ouvre des perspectives pour l’amélioration des plantes dans un contexte de changement climatique.