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Dernière mise à jour : Mai 2021

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Accès aux données de PHENOPSIS

Les données publiques produites sont disponibles depuis notre système d'information.

PHENOPSISDB est un système d'information qui a été développé en 2010 pour permettre le partage des données issues des expérimentations PHENOPSIS. Les fichiers d'irrigation ainsi que les données environnementales et les images des expérimentations sont stockées sur le serveur et immédiatement accessibles via PHENOPSISDB (Fabre et al., 2011; http://bioweb.supagro.inra.fr/phenopsis/). La liste des génotypes cultivés dans une expérimentation PHENOPSIS est immédiatement accessible via PHENOPSISDB dès qu'une expérimentation démarre. Les images et les données associées à l'expérimentation sont accessibles dès qu'elles ont fait l'objet d'une publication. Le partage des données via PHENOPSISDB a permis la publication de résultats originaux par des utilisateurs extérieurs (Schmalenbach et al., 2014).

Fabre J. et al., (2011) PHENOPSIS DB: an Information System for Arabidopsis thaliana phenotypic data in an environmental context. BMC Plant Biology 11

PHENOPSISDB_reference

PHENOPSIS fait partie depuis 2011 de Montpellier Plant Phenotyping Platforms (M3P), qui comprend 3 installations de phénotypage PHENOARCH, PHENODYN et PHENOPSIS. Les installations de M3P sont développées et maintenues par la même unité de recherches, le LEPSE sur le centre INRAE de Montpellier. M3P fait partie du projet PHENOME financé par l'ANR, Investissement d'Avenir. Des accès à PHENOPSIS  par des utilisateurs extérieurs ont été possibles par diverses sources de financement : le projet EPPN; European Plant Phenotyping Network; FP7 Research Infrastructures Program of the European Union, Agropolis Fondation...

 

Ils ont été (ou sont) accueillis dans notre groupe pour réaliser des expérimentations dans PHENOPSIS :

-          M. Dapp (PhD Student, Université de Genève Department of Plant Biology, Geneva Switzerland); for the analysis of heterosis and inbreeding depression of epigenetic Arabidopsis hybrids (Dapp et al., 2015).

-          H. MacLean (PhD Student, Université de Louvain La Neuve) for an analysis of biomass production and partitioning during A. thaliana growth : a modelling approach.

-          J. Bac-Molenaar (PhD Student, Laboratory of Plant Physiology, Wageningen University, The Netherlands) for a genome wide association mapping analyses of rosette growth and its response to drought in A. thaliana (Bac-Molenaar et al., 2015, 2016).

-          O.J. Ayala-Garay (Sabbatical stay, Scientist Producción de Semillas-Colegio de Postgraduados. Carretera México) for a genome wide association mapping analyses of rosette growth in A. thaliana.

-           C. Vazquez-Rovere (INTA, Buenos Aires, Argentine) for the analysis of the GASA genes and their role in in A. thaliana response to stresses.

-           W. Rymaszewski (PhD Student, Institute of Biochemistry and Biophysics, Warsaw, Poland) for the analysis of natural variation of drought tolerance in Arabidopsis accessions that differ in Annexin levels.

-          S. Hazen (Massachusetts University, Department of plant Biology, USA) for a genome wide association mapping analyses of shoot development and its response to drought in B. distachion.

 

Papers from external users:

Bac-Molenaar J.A., Granier C., Vreugdenhil D., Keurentjes J.J.B. (2016) Genome wide association mapping of time-dependent growth responses to moderate drought stress in Arabidopsis. Plant, Cell & Environment. 39, 88-102.

Bac-Molenaar J.A., Vreugdenhil D., Granier C., Keurentjes J.J.B. (2015) Genome wide association mapping of growth dynamics detects time-specific and general QTLs. Journal of Experimental Botany. 66, (18) 5567-5580.

Blonder B. et al., (2015)Testing models for the origin of the leaf economics spectrum with leaf and whole-plant traits in Arabidopsis thaliana. AoB Plants. 7, DOI: 10.1093/aobpla/plv049.

Dapp M. et al., (2015) Heterosis and inbreeding depression of epigenetic Arabidopsis hybrids. Nature Plants. 1, 15092.

Schmalenbach I. et al., (2014) The relationship between flowering time and growth responses to drought in the Arabidopsis Landsberg erecta x Antwerp-1 population. Frontiers in Plant Science. 5-609. DOI=10.3389/fpls.2014.00609